PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas. Berikut ini saya rangkumkan beberapa tips dan trik penggunaan PyMOL bagi pengguna awam tentunya, kalau yang udah mahir mungkin bisa memberikan koreksinya.

Sebelum memulai tips dan triknya ada baiknya memperkenalkan secara singkat tampilan GUI PyMOL.

GUI PyMOL

(more…)

Saat ini pemodelan molekuler terutama pemodelan molekul protein berperan sangat penting dalam studi protein secara komprehensif dan juga mendukung pencarian alternatif design obat-obatan ataupun vaksin. Pemodelan molekuler dapat dilakukan dengan berbagai metode, terdapat tiga metode yang saat ini sering digunakan, diantaranya adalah metode de novo atau ab initio, metode threading, dan metode homology modeling atau dikenal juga sebagai pemodelan secara komparatif. MODELLER, seperti posting saya sebelumnya, merupakan salah satu program  pemodelan molekuler yang menggunakan pendekatan pemodelan secara komparatif dalam pembuatan model molekul.

Kali ini, saya akan sedikit membahas bagaimana penggunaan MODELLER dalam pemodelan suatu struktur protein dengan perbedaan yang kecil dengan cetakannya (mutasi tunggal). Berikut ini merupakan contoh pemodelan struktur alpha globin yang mengalami mutasi disalah satu asam aminonya (W15R). Struktur tersebut belum pernah dikristalkan sebelumnya. ok, kita langsung menuju bagian intinya, pemodelan dengan MODELLER (saya menjalankannya di lingkungan unix/linux). (more…)

Saat sekarang ini pengguna internet sangat diuntungkan dengan maraknya bisnis online, seperti E-commerce, Network Marketing, penggunaan iklan, dll…tentunya untuk mendapatkan uang dan menambah penghasilan. Ada berbagai cara sebenarnya untuk mendapatkan uang melalui internet, dengan hanya bermodalkan koneksi internet dan waktu luang anda. Salah satu diantaranya adalah ikutan survey secara online, banyak situs atau web yang menggunakan layanan ini untuk membantu mereka menyelesaikan suatu survey. Survey yang dilakukan dapat berupa tanggapan terhadap tampilan suatu website, ataupun survey mengenai layanan-layanan yang digunakan oleh konsumen, seperti penggunaan barang-barang elektronik, alat kesehatan, dan lain sebagainya…! Berikut ini adalah beberapa web yang menyediakan layanan survey, dan anda akan dibayar setelah menjawab pertanyaan mereka. Bayarannya ada yang berupa dollar dan rupiah. (more…)

Situs http://Indowebster.com merupakan salah satu ‘Surga’ bagi para netter tanah air (lokal) yang gemar mendownload, apalagi yang memiliki bandwith besar. Situs ini memiliki kapasitas penyimpanan file yang sangat besar, hingga ratusan terabytes, dengan jumlah server sekitar 36 buah yang memudahkan dalam pengaksesan file-file tersebut.

Server Info Indowebster.com
We have 199605 Files, 76541 Video, 25273 Images, and 285885 Users in our data center.

Lalu lintas akses data dalam server-sever indowebster hampir dipastikan setiap harinya sibuk melayani pengguna yang melakukan download dan upload berbagai jenis file mulai dari ukuran Kb hingga Gb. Kelebihan indowebster dibandingkan dengan webportal penyimpanan lainnya adalah, pada situs ini kecepatan download tidak dibatasi (kecepatan download hanya ditentukan oleh bandwith pengguna dan sibuknya lalu-lintas data), file-file dengan ukuran besar yang disimpan oleh uploader umumnya dipecah menjadi beberapa bagian untuk memudahkan aksesnya, situs ini mendukung fitur resume download dari beberapa program download accelerator (salah satunya IDM—Internet Download Manager), dan selain itu situs ini memiliki jumlah server yang besar seperti disebutkan sebelumnya yang dapat memudahkan pengaksesan file. Berbagai kategori yang disediakan pada webportal ini antara lain adalah file dokumen, program, film, musik, game, video, dan lain-lain. Untuk netter yang sering mencari file game-game terbaru ataupun film-film terbaru dengan kecepatan download yang memuaskan indowebster merupakan pilihan yang pas.

Namun apa jadinya jika ditempat kerja anda atau dikampus anda memiliki pembatasan untuk mengakses situs ini atau dengan kata lain situs tersebut diblock (Di warnet atau di rumah biasanya tidak masalah, namun yang menjadi masalah utama adalah kecepatan downloadnya). Karena kebanyakan netter menggunakan fasilitas koneksi internet dikantor ataupun kampus untuk melakukan aktivitas download, apalagi untuk file-file yang berukuran ratusan Mb pastinya sangat terganggu dengan hal ini. Walaupun biasanya ada kebijakan pengaturan waktu untuk bisa mengakses web tersebut, misalnya setelah jam kantor ataupun jam perkuliahan selesai. Namun hal tersebut juga pastinya kurang memuaskan. Lantas apa yang anda lakukan???

(more…)

Indonesian Delagation in YES 2009!

South East Asia Youth for Change….Yes We Can! That’s the hope and the dream we seek, The CHANGE!. South East Asia is home to 200 million youth aged between 15 and 35 years. These are young minds that want to see change and they are open to new possibilities which can help them to achieve these changes. Youth Engagement Summit 2009 is one event to engaging young peoples to see what they want to do with change and connect their ideas with world change’s icon and the business leaders.  We, all youth in South East Asia (Indonesia, Malaysia, Brunei, Cambodia, Laos, Myanmar, Philippines, Singapore, Thailand, and Vietnam) dream and seek the Change. Change for personal life, change for  our community, change for our environment, and change for our country, for better living in the earth.

YES2009, is also the pinnacle of a grassroots movement which is sweeping South East Asia at this very moment. YES2009 is part of the big movement, the SEAchannge. SEAchange is an ongoing mobilization of young individuals across South East Asia who collectively believe that they can make a difference in their own lives, their communities, and their countries. The Collective efforts of the YES2009 organizers in engaging the youths behind the SEAchange movement is the perfect example of how connecting with the region of youth can change everything.

The Summit is done, but the Change is just the beginning. With the YES2009 momentum, the SEAchange youth report is declared, and the signs are clear. Personal change: It’s not just about helping myself, but how I can help others; Community change: It’s not about change in leadership, but change in the mindset of the people; Campaigns we support: It’s not about the issues, It’s about the impact. With this report we know what should we do. YES2009, bring the possibilities  for change we seek to make it real. There is many global issues we can share and find out the solution with hand to hand way. About poverty, education, peace & human rights, environment, health, and many more issues. Still focus, commit, and stay in connection with the collectively action, we can make it happen. Changes we seek is already started when the summit is began. (more…)